Una dintre principalele functii ale muzeului este cea de depozitare si conservare, activitate ce se desfasoara in depozitele muzeului: colectii botanice, geologice, biologice (cu exemplare vertebrate, nevertebrate si umane), paleontologice, plante medicinale traditionale si relicve culturale – istorice românesti sau din alte tari. Toate piesele sunt folosite la organizarea unor expozitii, ca material de documentare, la activitati didactice. Colectia mai include si o biblioteca cu carti de specialitate, o arhiva cu documente istorice si o biblioteca de imagini ale monumentelor naturale din judetul Prahova. Colectia este vitala pentru mentinerea si protejarea registrului natural si istoric.
